自即位以来，一系列重大变革随即展开。对官制进行了全面改革，恢复了魏旧制。朝廷设立了尚书、门下、内史（中书）、秘书、内侍五省，其中前三省的长官实际上是宰相的职责，后二省则主要负责宫廷内务。
作为最高的政务部门，设置了令一人，左右仆射各一人，下设吏部、礼部、兵部、都官、度支、工部为六曹，每曹设尚书一人。这种制度被沿称为中央的“三省”制。除此之外，还有二台（御史、都水）和十一寺等机构，共同负责朝廷的日常行政事务。
在地方行政机构方面，也进行了重大调整。将过去的州、郡、县三级制简化为州、县二级制，废除了郡级机构，这不仅节省了国家开支，还提高了行政效率，进一步强化了中央集权的统治。
元丰三年（1080）九月，针对宋初以来官制的弊端，成立了一个专门的评定官制所，历时三年完成了官制的改革。制定了寄禄格，改正了官名。开府仪同三司这一高级官位得以确立，这是魏晋南北朝时期的一种高级官位，也是隋唐至元文散官的最高官阶。寄禄官则是一种有官名有待遇但无实际职事的官阶。
宰相改称尚书左右仆射，副相称为尚书左右丞。还仿照《唐六典》所载的官制，颁布了三省、枢密、六曹等官僚制度。中书负责取旨，门下负责审核，尚书负责执行。这一系列的改革措施为朝廷建立了一套完整高效的官制体系。
开府仪同三司的设立不仅代表了官职的高低，还明确了官府开办的级别和仪仗的使用标准。而三师和三公则是古代朝廷中的高级官职，太师、太傅、太保为三师，太尉、司徒、司空为三公，他们都是朝廷中的重要支柱。散官制度则为官员的叙阶提供了依据，明清时期亦有阶官之制。
这次官制改革是对朝廷政治体制的一次重大调整和完善，为朝廷的长期稳定发展奠定了坚实的基础。